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MSAP可以检测不同样本基因组DNA甲基化的差异，通过不同限制酶识别甲基差异的特性来获得差异扩增片段的一种分子标记，是AFLP方法的延伸。

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1. 总RNA提取与质检2. 已知序列的验证3. 合成5'和3' RACE-ready cDNA第一链；通过LD-PCR分别进行5' 和3' RACE4. 基因未知序列验证

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